Roteiro
Estágio 1: Prologue

Você começa o jogo na nave Normandy, a mais importante da Alliance. Após a conversa inicial, Captain Anderson o convocará para a sala de conferência (briefing room). Vasculhe a nave para conversar com outros integrantes da tripulação para receber experiência como o navegador Pressly, o soldado Jenkins, dra. Chakwas e o engenheiro chefe Adams. Após as conversas, siga para falar com Anderson. Converse com Nihlus. Após o vídeo, você será mandado a Eden Prime para resgatar um artefato chamado Prothean beacon.
Estágio 2: Eden Prime
No planeta, você tem a companhia dos soldados Kaidan Alenko e Richard Jenkins. Avance e vá para a direita para pegar seus primeiros itens. Siga agora para a esquerda. Destrua os primeiros inimigos e deixe Jenkins para trás. Avance pela esquerda e encontre uma espécie de bosque. Destrua mais inimigos para ver um vídeo. Após a clareira (e um vídeo), destrua os soldados inimigos.

Converse com a soldado (Ashley Williams) e use a opção Join para ela entrar no time. Siga até encontrar um ponto chamado Dig Site.

Destrua os inimigos e vasculhe o local. Siga para direita e suba. Destrua os Geth antes que se aproximem. Vasculhe os contêineres. O contêiner da direita possui itens e o da esquerda, colonos. Siga para esquerda e veja o vídeo. Na área aberta, veja uma nave ao fundo. Destrua os inimigos a distância e vasculhe a procura do de Nihlus. Encontre um homem. Converse com ele para ter a informação do trem. Há mais um contêiner à direita com outros colonos. Siga para a esquerda, contorne a passarela e desça. Vá para a direita e encontre uma passarela comprida. Ela dá acesso ao trem. Elimine os inimigos que a defendem para chegar ao transporte. Saren, que matou Nihlus, está com o Beacon.

Após o vídeo, você deve desarmar quatro explosivos. Você tem cinco minutos para se aproximar de cada explosivo e segurar A para desarmá-los. A primeira está logo depois que você sai do trem. Vá para a direita e use a plataforma para chegar ao outro lado. Desarme uma bomba à esquerda e siga para a direita. Desarme mais uma. Siga até o fundo da área e desarme a última. Siga para a esquerda. Destrua os zumbis e os soldados Geth para ter acesso ao Beacon. Vasculhe o local atrás de itens. Acesse o Beacon para ver um vídeo. De volta a Normandy, converse com Anderson. Após a conversa, siga para a ponte da nave para conversar com Joker. O objetivo é The Citadel.
Estágio 3: The Citadel

Após a conversa inicial, se familiarize com o mapa da Citadel. A partir desse momento você pode executar todos os passos do Main Quest (campanha principal) ou os Sidequests. Os sidequests rendem itens e pontos de experiência. Podem ser executados em qualquer ordem. Use o sistema de transporte, o Citadel Rapid Transit, para se transferir rapidamente de um ponto para outro. Os passos a seguir se referem ao Main Quest. Siga para área central da Citadel e prossiga até a Citadel Tower. Em Tower, converse com Garrus Vakarian. A seguir, atravesse o local e encontre Anderson. Após a audiência, você deve encontrar provas contra Saren. O alvo é o alien Garrus Vakarian, que você acabou de encontrar. Siga para Chora’s Den, em Wars Locations. No local (danceteria), veja a conversa entre aliens, incluindo um tal de Wrex. Converse com o humano chamado Harkin até ele dar a localização de Garrus.

Siga agora para outro local da Citadel, conhecido como Med Clinic. Acabe com os inimigos e converse com Garrus. Após a conversa, o alien estará no time. Outro membro pode ser adicionado ao seu time a partir de agora. É outro alien chamado Wrex. Ele está no C-Sec Academy. Para chegar lá, siga até o Embassies. Desça a plataforma em frente ao local para chegar à entrada do C-Sec Academy. Pegue o elevador. Vá para a direita e encontre Wrex. Converse com o Alien para que ele entre em seu time. Seu próximo objetivo é eliminar Fist. Volte ao Chora’s Den e enviada o local. Prepare-se para uma boa luta. Siga para a esquerda e enfrente mais alguns inimigos. Encontre Fist. Posicione-se à esquerda da entrada e coloque seus companheiros à direita. Após derrotar Fist, retire a informação do alvo. Você deve encontrar o alvo da raça Quarian. Você 4 minutos para chegar ao alvo. Saia do Chora’s Den e elimine alguns alvos. Após sair, pegue o corredor da esquerda (laranja) e prossiga até encontrar alguns elementos conversando. Quando a luta começar, ataque os pontos vermelhos. Após a disputa, você encontrará o Quarian. Ela se chama Tali e possui a evidência contra Saren. Após a conversa com o Embaixador, aceite Tali em seu time. Siga para Citadel Tower.
Converse mais uma vez com o conselho. Eles aceitarão a evidência. Saren será eliminado dos Spectres (grupo de elite com poderes delegados pelo Conselho para executar missões especiais e proteger toda a galáxia). No lugar se Saren, seu personagem é eleito um Spectre, sendo o primeiro humano a ter tal título. Sua missão é encontrar e deter Saren. Mas primeiro, siga para C-Sec Academy. Entre no elevador central (cor azul) para chegar a Hangar Bay, onde está a nave Normandy. Converse com Anderson e o embaixador. Eles lhe darão três localizações para começar sua missão. A primeira localização é Feros, onde uma colônia humana foi atacada por Geth. A segunda é Noveria, onde outra colônia humana pode ser alvo desaren. A terceira é em algum lugar do sistema Artemis Tau Cluster, onde Liara T’Soni, filha de Matriarch Benezia (aliada de Saren), lidera escavações científicas. Entre na nave quando quiser explorar o espaço e continuar o jogo. Acesse o Galaxy Map para viajar.
Estágio 4: Liara

No Galaxy Map, escolha Liara’s Dig Site. Depois, entre no sistema Knossos com o botão A. Mova o cursor para o planeta Therum e aperte A. Após a aterrissagem, você estará em um vale e se movimentará pelo Mako. Basta seguir o caminho mostrado pelo mapa para não se perder. Não passe pela lava. Após uma nave Geth sobrevoar o planeta, você terá de enfrentar inimigos. Quando alcançar a fortaleza, destrua os canhões. Pegue um atalho à esquerda dos portos para invadir o local.

Do outro lado, saia da máquina e abra os portões para prosseguir com o Mako. Antes de chegar ao túnel, tome cuidado com o forte Geth Colossus. Passe pelo túnel. Após passar pelo segundo túnel, você terá de seguir a pé. Elimine os inimigos até encontrar uma espécie de mina. Após o vídeo, elimine a grande máquina Geth. Destrua os inimigos menores primeiro e depois concentre fogo na máquina. No final, entre na mina. Passe pelo tubo e chegue a plataformas. Prossiga até usar um elevador. Vá para esquerda e use outro elevador. Desça pelos escombros e encontre Liara presa. Você deve libertá-la. Siga para o outro lado da área. No fundo, há itens.

Aproxime-se do grande tubo (Mining Laser Controls) e aperte A. Quando for pedida a seqüência, você deve apertar os botões A-X-B-Y. Após o disparo, siga para o andar de baixo e acione o painel. Após a seqüência, libere Laira e elimine os inimigos. Volte a Normandy.
Estágio 5: Feros
Quando estiver pronto, volte ao Galaxy Map e siga para o sistema Attican Beta. Selecione Feros duas vezes para acessar o planeta. Saia da nave e converse com David al Talaquani.

Elimine os inimigos e prossiga para chegar a Zhu’s Hope. Passe pelo túnel e encontre os colonos. Do outro lado, fale com Fai Dan. Seu objetivo é defender a colônia do ataque e avançar contra o inimigo. Elimine os primeiros adversários e prossiga pela estrutura até encontrar um elevador. Deixe-o por enquanto. Siga pelo caminho à esquerda e encontre uma área infestada por Geth. Uma nave manda apoio aos inimigos. Destrua a legião e volte a conversar com Fai Dan. Volte ao elevador e use-o.

Você estará em uma garagem. Use o Mako para avançar pela estrada à frente. Passe pela estrada e elimine os grandes tanques Geth. Após passar pelo portão, desça do veículo e vá para a esquerda para encontrar mais colonos. Converse com Juliane Baynham e Ethan Jeong. A colona pedirá que você encontre sua filha, Lizbeth. Saia do local por onde você entrou, volte a Mako e suba pelo caminho à direita. Passe por mais uma estrada com inimigos. Na próxima estrutura, você deve descer do Mako. Vá para a esquerda e desça por um buraco. Encontre Lizbeth. Ela lhe dará um cartão de identificação. Elimine as criaturas em forma de cachorro (Varren) e vá para o outro lado da área. Passe pela porta, suba as escadas e elimine o Krogan. Acesse a máquina e pegue algumas informações. Siga para a esquerda e passe por mais uma escada. Passe pela sala com a grande garra e vá para esquerda. Na sala com o campo de força, vá para a esquerda (o caminho da direita leva a uma sala com Krogans e itens). Suba as escadas e vá para a esquerda. Na próxima área, elimine os inimigos e use a escada para chegar ao outro lado. Elimine alguns inimigos e acesse o computador no fundo da sala. Há botões com valores numérico que regulam a pressão. Acione os botões 17, 11 e 5. Acione o botão do meio da máquina para fechar o compartimento. Volte ao local em que você deixou o Mako. No caminho, use a porta que continha um campo de força para cortar caminho. Converse com Lizbeth e entre no Mako. Volte até o local onde estão Juliane Baynham e Ethan Jeong. Após a conversa, você deve voltar a Zhu’s Hope. Os colonos de lá estão infectados. Você pode eliminá-los (pontos de Renegade) ou salvá-los (pontos de Paragon). Volte a Zhu’s Hope. Após passar pela estrada, desça para abrir o portão. Encontre o primeiro creeper. Após entrar, você verá alguns creeper e colonos. Os colonos atirarão em você. Elimine-os ou salve-os. Para salvá-los, aproxime-se bem do alvo e dê um golpe com arma sem atirar. Isso fará com que o alvo fique desacordado. Você também pode usar as granadas especiais fornecidas por Juliane Baynham. Acesse seu inventário e use o upgrade de granadas Anti-Thorian Gas I. Use a granada nos alvos para que salvá-los. Independentemente do que você fará, avance por Zhu’s Hope até encontrar no final Fai Dan. Basta ativar o painel Freighteir Crane Control para que Fai apareça. Siga pela passagem que se abriu. Siga até encontrar uma enorme criatura. Após a conversa, você terá de eliminá-la. Para destruir o mestre, você deve subir os andares e atacar os tentáculos da criatura. Ela é defendida por Fai Dan por creepers e clones da raça asari. Siga para a esquerda para começar a subir. Logo no começo há um tentáculo (Thorian Neural Node). Ataque-o. Suba a escada, passe pelo corredor e encontre o segundo tentáculo.

Avance por mais um corredor e destrua o terceiro tentáculo. No mesmo andar, destrua o quatro. Suba, vá para a esquerda e elimine o quinto. Suba dois lances de escada e elimine último tentáculo para você ver um vídeo. Volte a Normandy para as próximas missões.
Após completar essas duas primeiras missões, o conselho lhe mandará um aviso da possível localização de Serun. Ele pode estar em Virmire. Mas não se preocupe. Deixe o planeta por enquanto e siga para Noveria.